Origen legendario

Dos leyendas atribuyen su fundación a su primer gobernante, un personaje legendario llamado Manco Cápac, junto a su hermana y consorte Mama Ocllo. En ambas se afirma que el lugar fue revelado por el dios Sol (Inti) a los fundadores después de una peregrinación iniciada al sur del Valle Sagrado de los Incas.

Manco Cápac y Mama Ocllo
El cronista mestizo Inca Garcilaso de la Vega relata en sus Comentarios reales de los incas hasta tres versiones sobre el origen de los incas, aunque otorga más crédito a la leyenda que arranca con el surgimiento de Manco Cápac y Mama Ocllo, quienes, según este relato, salieron del lago Titicaca por orden del Sol, con el encargo de dirigirse hacia el norte en busca de un lugar donde podían formar un gran imperio. Durante su avance debían intentar hundir una vara de oro (topa yauri) en el terreno. Cuando lo lograsen, habrían encontrado el lugar designado para el establecer el Tahuantinsuyo. Cuando llegaron al Cusco, la vara se hundió: allí se establecieron y organizaron el nuevo reino. Garcilaso continúa narrando cómo Manco Cápac y Mama Oclloreunieron a la gente del lugar y fueron reconocidos como señores de la tierra. Luego, Manco Cápac procedió a enseñar a los hombres las actividades relacionadas con la guerra y el cultivo de los campos, mientras que Mama Ocllo enseñó a todas las mujeres a hilar y a tejer, así como a preparar alimentos.

Los hermanos Ayar
La leyenda de los hermanos Ayar es, probablemente, la que mejor explica la llegada de los grupos humanos al Cusco. Recogida en el siglo XVI por el cronista Juan de Betanzos (seguramente a partir de los datos proporcionados por los parientes indígenas de su mujer), se cree que ofrece informaciones excepcionales por porvenir directamente del seno de la élite inca. La leyenda de los hermanos Ayar cuenta cómo, después de que Wiracocha, ordenara la creación del mundo, cuatro parejas (conformadas por cuatro hermanos y sus respectivas esposas), salieron de la cueva de Pacaritambo (Casa del Amanecer o Casa de la Producción). Estas parejas fueron: Ayar Cachi. Ayar Cachi y Mama Guaco; Ayar Uchu y Mama Cura; Ayar Auca y Ragua Ocllo; y, finalmente, la más importante de ellas, Ayar Manco y Mama Ocllo. Los hermanos, de acuerdo con este relato, salieron lujosamente vestidos y se dirigieron al cerro Huanacaure, en cuyas faldas sembraron papas. Una vez estuvieron allí, Ayar Cachi, en una demostración de fuerza suprema, logró hacer cuatro quebradas luego de partir cuatro cerros con su honda, por lo que sus compañeros decidieron deshacerse de él y encerrarlo con engaños en Pacaritambo, para luego regresar a Huanacaure, Tras vivir durante un año en este lugar, estos personajes singulares se dirigieron al Cusco, hasta que al final abandonaron a Ayar Uchu.
Este se dirigió finalmente hacie el Sol (Inti), quien le ordenó, a su vez, que Ayar Manco cambiara su nombre por el de Manco Cápac. Una vez transmitida la orden, el abandonado Ayar Uchu quedó convertido en un ídolo de piedra. Por eso, al Cusco llegaron únicamente Manco Cápac, Ayar Auca y las cuatro mujeres. Todos ellos se establecieron en el lugar, después de que Alcaviza, jefe de los pobladores cuzqueños, los reconociera e identificara como hijos del Sol. Una vez en el Cusco, construyeron una casa en el lugar donde se encuentra el Coricancha y se dedicaron a sembrar maíz.